6月22日、総合政策学部に在籍する塾生1人が、新型インフルエンザを発症したことが確認された。発症した学生は発熱前2日間と発熱以降大学へ登校していない。
また厚生労働省が同19日に発表した新型インフルエンザに対する新指針を受け、同29日に慶大保健管理センターは「新型インフルエンザに関するお知らせ(第7報)」を発し、登校・就業禁止措置の基準を一部変更した。患者は登校・就業禁止(医師の指示どおり)、患者との濃厚接触者は外出自粛(保健所等の指示で健康観察を指示された場合は7日間の自宅待機)としている。海外渡航届、帰国届は、7月1日から当面不要となる。
塾生で患者が1人出たことについて大学は、「現時点で大学内での集団感染が疑われる事例ではない。休校措置はとらず、各キャンパスでは、通常どおり授業・課外活動を行う」としている。