経済学研究科は2009年度より、東京工業大学院社会理工学研究科との副専攻・副専門制度を開始した。また、両研究科双方の専門に関心をもつ修士課程学生を対象に、経済学修士(慶應義塾大学)および理学・工学・学術修士(東京工業大学)の2つの学位を3年間で取得することを可能にするジョイントディグリー制度を設けることとなった。