2月12日に行われた薬学部入試において、出題に不備があったことを2月13日、慶應義塾は発表した。全受験者への加点措置がとられた。また、23日には商学部の試験においても誤りがあったことを発表した。商学部入試に関しては、特別な措置はとられなかった。
薬学部は外国語、理科、数学が受験科目となっている。出題に不備があったのは数学。大問Ⅰの（5）（ⅱ）、f（t）＝kにおいて、ただひとつの解をもつような定数kの範囲を求める問題文の記述が不十分であり、適切な解答を得ることができなかった。
慶應義塾は、全受験者2320人が正解を解答したとみなし、加点する措置をとった。
商学部でミスがあったのは地理歴史の日本史B。大問Ⅰの問題文、下線部（イ）「三内丸山遺跡で水田が発掘された」との記述が誤っていた。水稲耕作の伝来は縄文時代晩期とされるが、同遺跡は縄文時代前期から中期の遺跡とされている。
慶應義塾は、設問の解答に影響を与えるものではないと判断。採点に特別な配慮はしなかった。
いずれの場合も慶大ホームページ上で謝罪と対応を示している。慶應義塾は「今後このようなことを起こさぬよう、管理体制の強化に取り組む」としている。
